„ściany koło portalu zakrystii, z którego wynika, iż kamień węgielny położono tu w roku 1343. Równie dobrze jednak przyjąć można wczesnośredniowieczną tradycję przypisującą fundację pierwotnego kościółka Najświętszej Panny Marii księciu pomorskiemu Świętopełkowi II. Przedłużałoby to dzieje świątyni o wiek cały, o modły paru jeszcze pokoleń. Rzecz frapująca dla historyków kultury, warta dokładniejszych dociekań archeologów i architektów, lecz do sedna sprawy niewiele wnosząca, skoro w Kaplicy Kapłańskiej tej świątyni znajdujemy dziś takie epitafium „Tu złożono ziemię z katakumb rzymskich i z obozów koncentracyjnych".
Kaplicę zbudowano w Bazylice w roku 1965 jako pomnik dla siedmiu tysięcy więzionych i dwóch i pół tysiąca pomordowanych w niemieckich obozach zagłady katolickich kapłanów polskich. Idea kaplicypomnika powstała podczas okupacji w zamyśle jednego z kapłanów podziemnego ruchu oporu ks. dr Józefa ZatorPrzytockiego, który po wyzwoleniu został proboszczem gdańskiej Bazyliki. Realizacji idei patronował były więzień hitlerowskich obozów niedawno zmarły ordynariusz diecezji gdańskiej ksiądz biskup Edmund Nowicki. Zapewne niejedna świątynia w Polsce byłaby nie mniej właściwym miejscem dla tego memento, chciano jednakże podkreślić, że w Gdańsku już w najpierwszych momentach II wojny światowej, w nocy z 31 sierpnia na 1 września 1939 roku, skazano na udrękę wygnania, więzienia i obozy śmierci pierwszych polskich księży. Długo poszukiwano właściwej koncepcji artystycznej — rozmiar zbrodni porażał twórców — aż znalazła swój wyraz w cytowanym epitafium. Dramaturgiczną prostotę pomnikowej kaplicy, zajmującej niewielką przestrzeń wciśniętą między dwie wiekowe przypory Bazyliki, pogłębia niezmiernie wojenne spustoszenie monumentalnego wnętrza.“(10)